日本人配偶者で、日本に移住する予定の方は、移住する前に在留資格認定証明書を取得してください。
短期滞在者として配偶者と一緒に日本に住んで在留資格認定証明書が発行されるのを待つことは可能ですが、在留期間の終了前に在留資格認定証明書が発行されない場合、日本を離れしばらく配偶者と別れ別れとなります。
来日後に在留資格認定証明書が発行された場合は、日本国内で在留資格を変更することは可能な場合がありますが、それでも短期滞在の在留期限が切れるリスクを考えるならば在留資格認定証明書を得てから来日した方がはるかにいいです。